蒙城国家野外科学观测研究站设置了如下机构：

1.管理委员会：由学校分管领导，安徽省地震局，科大地空学院，科大科研部，科大发展规划处，省局科学技术处，省局发展与财务处等部门的领导组成；

2.学术委员会：聘请包中科院括潘永信院士在内的11位专家为观测站的学术委员会委员；

3.站长和副站长：由中科大/南方科大陈晓非院士担任站长，中科大姚华建教授担任常务副站长，中科大薛向辉、王宝善及安徽省地震局吴华章、黄显良四位担任副站长；

4.设置了地球物理观测数据中心等8个研究单元，每个研究单元设主任和副主任，分别由科大或安徽省地震局的相关专家担任；

5.设置观测站办公室（有主任一名，秘书两名），负责观测站的日常事务。

野外站组织构架图